孤獨癥目前還缺乏針對其核心缺陷的藥物治療，所有藥物治療都是輔助性的對癥的治療。它的原則有：
第一應(yīng)該權(quán)衡發(fā)育階段的原則，零到六歲的患兒以教育和行為訓(xùn)練的方式進行干預(yù)，不推薦使用藥物。除非行為問題突出，而其他干預(yù)措施無效的情況下可以再嚴格把握適應(yīng)癥和目標癥狀的前提下謹慎使用。六歲以上根據(jù)目標癥狀或者合并癥是否影響到患兒的生活質(zhì)量或教育訓(xùn)練的實施等情況選擇使用。
第二是知情同意的原則，幾乎所有的治療精神障礙的藥物，在上市前的臨床實驗中都不是以兒童為研究對象的，所以這些藥物在兒童中的使用缺乏相應(yīng)的療效和安全性的數(shù)據(jù)。
第三是單一和對癥用藥的原則，針對孤獨癥的藥物治療是輔助性對癥性的治療措施，僅當某些癥狀突出才考慮使用藥物輔助治療，盡可能選用單一的藥物。
第四應(yīng)該從低劑量開始逐漸添加到有效計量的原則，應(yīng)考慮孤獨癥兒童的年齡，身體健康情況，體重等個體的差異決定治療的起始劑量，然后視臨床效果和副作用情況逐日或逐周的到控制目標癥狀或者達到該藥品說明書推薦的有效劑量為止。
